西暦2203年。辛うじて「ガトランティス戦役」に勝利した地球連邦であったが、多くの艦船と将兵を失い疲弊し切っていた。防衛軍司令部は艦隊戦力の再建計画の一環として戦役中に研究開発及び実戦投入されたBBB級や無人型クラスDで構成された「無人艦隊」を見直し「指揮AI制御の無人艦隊」から「人が制御する無人艦隊」へとコンセプトを変更する事を決定し、その研究開発実験艦隊として"新生BBB戦隊"正式名称「第99特殊戦略戦術機動打撃群」通称"BLACK BAD BUTCH(黒色不良艦隊)"が創設される。 これは歴史の表舞台には登場せず、実験艦隊にも関わらず陰ながらに活躍した"黒い艦隊"の物語である。